1970年５月24日、中国山西省・汾陽（フェンヤン）生まれ。18歳の時に山西省の省都・太原（タイユェン）の芸術大学に入り、油絵を専攻。同時に小説執筆を始める。この頃、チェン・カイコー（陳凱歌）監督の『黄色い大地』（84）を観て映画に関心を持ち、93年に北京電影学院文学系（文学部）に入学。95年に仲間と共にインディペンデント映画製作グループを組織し、55分のビデオ作品「小山の帰郷」を監督、香港インディペンデント短編映画賞金賞を受賞した。97年に北京電影学院を卒業し、その卒業制作として16mmの長編劇映画『一瞬の夢』を監督。故郷の汾陽を舞台に、すべて素人を起用したこの作品は、卒業制作であるにもかかわらず98年のベルリン国際映画祭フォーラム部門でワールドプレミア上映され、ヴォルフガング・シュタウテ賞（最優秀新人監督賞）を受賞。そのほかプサン国際映画祭、バンクーバー国際映画祭、ナント三大陸映画祭でグランプリを獲得、一躍国際的に大きな注目を集めた。
長編第２作『プラットホーム』（00）は2000年ヴェネチア映画祭コンペティションに選ばれ最優秀アジア映画賞にあたるNETPAC賞を受賞。ナント、ブエノスアイレスの両映画祭ではグランプリに輝いた。01年には、山西省の地方都市・大同（ダートン）を舞台に初めてデジタルビデオで撮影した短編ドキュメンタリー「In Public」を製作。02年にはこの大同を舞台に、監督第３作『青の稲妻』を発表。出口のない青春を描いたこの映画はジャ・ジャンクー監督にとって初のカンヌ国際映画祭コンペティション部門出品作となり、以降、すべての作品がカンヌまたはヴェネチア国際映画祭で上映されている。2004年、北京郊外に実在するテーマパークを舞台に若者たちの孤独を描いた長編第４作『世界』を発表、ヴェネチア国際映画祭コンペティション部門に出品され、トロント、ロッテルダム、バンクーバーなど世界中の映画祭で上映され好評を博した。
2006年にはダムの建設により伝統や文化、記憶や時間も水没してゆく運命にある古都・奉節（フォンジェ）を舞台に２人の男女の物語が綴られる劇映画『長江哀歌』と、三峡地区でロケされたドキュメンタリー映画「東」を発表。両作品ともヴェネチア国際映画祭に選ばれ、『長江哀歌』は最高賞にあたる金獅子賞（グランプリ）を獲得。日本でもロングランヒットを記録し、キネマ旬報ベスト・テン外国語映画第１位、毎日映画コンクール外国映画ベストワン賞を受賞するなど高い評価を受けた。07年には中国のファッションをテーマにしたドキュメンタリー「無用」を発表、ヴェネチア国際映画祭で最優秀ドキュメンタリー賞を受賞した。2008年の『四川のうた』では、巨大国営工場「420工場」を舞台に、ここで実際に働いていた労働者とプロの俳優を起用して420工場の思い出を語らせるというセミドキュメンタリーに挑戦。個人の生活史に中国の激動の半世紀の歴史を重ねるという一大叙事詩を作り上げた。中国で実際に起こった４つの暴力事件を描いた『罪の手ざわり』(13)はカンヌ映画祭で脚本賞を受賞。2015年にはフランス監督協会が主催する「黄金の馬車賞」を受賞した。
『山河ノスタルジア』、は『青の稲妻』、『四川のうた』、『罪の手ざわり』に続いて4度目のカンヌ映画祭コンペティション上映となった。