スコットランドでイングランドの王位継承権を持ちながら、カトリックとして生まれたメアリー・スチュアートは、父ジェームズⅤ世が生後６日で亡くなり、０歳にしてスコットランド女王となる。幼少時に渡仏し、フランス王宮で育ち、15歳でフランス王太子と結婚、16歳でフランス王妃に、18歳で未亡人となり、母国スコットランドで王位に戻る。

メアリーの不在の間、スコットランドではプロテスタント教徒たちが勢力を拡大していた。摂政として国を統治していた異母兄マリ伯、プロテスタント長老派の指導者ジョン・ノックス、国務大臣メイトランドらはカトリックの女王を快く思わず、何度も陰謀や内乱を画策した。

イングランドでは、エリザベスⅠ世が25歳で即位、宰相ウィリアム・セシルやエリザベスが心を寄せるレスター伯ロバート・ダドリーら枢密院と侍女ベスたちが彼女を支えていた。王位継承者がいなかったため、エリザベスは日々、早く世継ぎを産むようプレッシャーをかけられていた。そんな折、メアリー帰国の知らせに、枢密院内は緊迫した空気が走る。

メアリーは同じスチュアートの血を引くダーンリー卿ヘンリー・スチュアートと結婚し、息子ジェームズを出産する。何よりも正当なイングランドとスコットランドの王位継承権を持つ子供の誕生はスコットランド宮廷を揺るがせた。

メアリーの結婚、出産の知らせはイングランド宮廷とエリザベスの心をざわつかせた。しかし、結婚によって王室の混乱が深まるのを目の当たりにし続けてきたエリザベスは、愛する人が目の前にいたとしても、その争いを避けたかった。心を犠牲にしてでも、彼女には守らねばならないものがあった。「私は男になったの」。エリザベスの言葉にウィリアム・セシルは「この世は残酷な場所です」と返すのみだった。

メアリー・スチュアートは生まれた時からエリザベスⅠ世の王位継承権のライバルだった。ふたりの女王はお互いに意識し合い、同時に魅せられていた。女性として世を治めるとはどういうことなのかは、このふたりにしか理解できなかった。誰よりも理解し合えたはずのふたりの女王。ある時、お互いを恐れ続けたふたりの運命が交差する――。